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生工生物&AMBiotech X-Aptamer核酸适配体服务平台

 

技术支持


电话:021-57072012
邮箱:zyw@sangon.com

服务简介

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核酸适配体(Aptamer)或核酸适体是一类具有特异性识别功能的单链DNA或者RNA核酸分子,其作用本质是核酸分子折叠形成特定三维结构而与生物靶标高亲和力和高特异性结合,具有与单克隆抗体相媲美的亲和力与特异性,同时又具有抗体无法媲美优点:不易受pH、温度等环境因素影响而变性、价格便宜;可在体外筛选;没有免疫源性和毒性,可通过化学合成制备、改造与标记;化学稳定性好,能可逆变性与复性、可通过酶扩增、剪切等。这些优点使其在生物医学领域具有广阔的应用前景,因此在基础研究及应用研究领域均呈现了快速发展的趋势。而传统的适配体筛选方法是通过随机序列文库分子与靶标孵育结合后,经过分离,再扩增再结合,通过10~15轮的筛选,甚至更多轮的筛选,耗时耗力,而且成功率只有30%左右。

生工生物专注于上游核酸适配体文库的合成与筛选,为主动抢占科研领域制高点,积极寻求国际合作机遇,经过对全球适配体筛选服务公司的精心考察与分析,2018年生工生物决定与美国AM生物有限公司达成战略合作联盟,引进AM生物公司的高亲和力修饰适配体筛选试剂盒,共同建立高质量的核酸适配体筛选平台,为广大科研工作者提供更加高效、高质量的适配体筛选服务及高亲和力核酸适配体。美国AM生物公司开发的高亲和力修饰适配体(以下用X-Aptamer表示)筛选试剂盒提供了一种快速筛选高亲和力修饰适配体的方法,获得多项发明专利:

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  • US 7,576,037 Bead library synthesizer
  • US 7,910,523 Bead-based selection process
  • US 7,338,762 Bead-based selection methods
  • AU 2003304278 B2 Bead-based combinatorial oligonucleotide library
  • Canada 2,526,690 Bead-based selection methods and system
  • EPO 1635765 Bead-based selection methods and system
  • US 13/014,597 (pending) System for selecting affinity reagents using oligos attached to beads by non-cleavable linker

说明书下载

高亲和力修饰适配体筛选X-Aptamer试剂盒I
高亲和力修饰适配体筛选X-Aptamer试剂盒II

X-Aptamer核酸适配体筛选平台优点

X-Aptamer筛选试剂盒与传统适配体筛选比较

内容 传统适配体库 X-Aptamer X-Aptamer优点说明
库容量 1014~20 109 传统随机库中绝大多数都是无效序列,X-Aptamer是经过计算机分析舍弃无效序列,保留具特异空间结构序列,大大减轻了筛选负荷。
每条序列的重复数(以2OD计算) 0~101 105 因为传统随机库库容量过大,每种碱基序列在0~10条,丰度极低,很难富集,必须要进行多轮筛选。
碱基修饰 X-Aptamer含有新颖的化学修饰,包括二硫代磷酸酯骨架修饰、脱氧核糖核酸、正电修饰及氨基酸侧链修饰,从而使与靶标的亲合力增强上百倍,甚至上千倍。
一次筛选靶标数量 1个 3~5个 X-Aptamer 正是由于上述的三大特点,可以一次性同时进行5个靶标的筛选,提高筛选效率。
筛选循环数量 10~15轮 1轮筛选+1轮结合 一轮靶标分子与X-Aptamer库筛选,二轮靶标与特异性适配体结合pull-down分离,操作简单、省时省力。
筛选成功率 30% 70% 由于X-Aptamer库含有多种碱基修饰,其空间结构多样性及亲和性增强,大大提高了筛选成功率。
序列分析 一代或二代测序得碱基序列 二代测序+专业软件 通过标记引物得出多个靶标适配体序列,并通过AM的云端智能软件分析出修饰的适配体核酸序列。

X-Aptamer 模式图及修饰碱基

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X-Aptamer 与无修饰适配体亲和力比较

Target Regular Aptamer KD, unmodified Modification Made X-Aptamer KD, modified Binding Affinity Enhancement
VEGF165 2.1 nM PS2 15 pM 140x
FS2 2.3 pM 913x
α-Thrombin 1.1 nM PS2 1.2 pM 916x
α-Thrombin 2.4 nM T-indole 1.4 pM 1700x
IgE 11.3 nM PS2 10.4 pM 1000x

相关文献

  1. [1] Lokesh G.L. et al. (2017) X-Aptamer Selection and Validation. In: Bindewald E., Shapiro B. (eds) RNA Nanostructures. Methods in Molecular Biology, vol 1632. Humana PressLink

  2. [2] HongyuWang, Curtis H.Lam, XinLi, Derek L.West, XianbinYang, Selection of PD1/PD-L1 X-Aptamers. Biochimie, Biochi. 2017.09.006Link

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服务流程

目前生工生物可提供两种服务方式,客户筛选和生工筛选。您可选择把靶分子寄给生工,由生工进行后续一系列的筛选、分析及适配体合成等一条龙服务;也可选择自行购买该试剂盒筛选,并将得到的PCR产物寄给生工做后续的相应服务。服务流程图如下:

客户筛选:

客户从生工购买AMBiotech X-Aptamer筛选试剂盒→客户自行筛选→筛选到PCR产物→寄到生工进行二代测序→AMBiotech数据分析→生工合成X-Aptamer→特异性及亲和力分析

生工筛选:

客户寄靶分子给生工→生工筛选→筛选到PCR产物→二代测序→AMBiotech数据分析→生工合成X-Aptamer→特异性及亲和力分析

服务说明

  1. 1. 本试剂盒主要针对蛋白和小分子靶标,并且靶标能进行稳定标记;
  2. 2. 对于细胞,或混合靶标需要客户自己摸索相关的筛选条件;
  3. 3. 客户自己筛选直接购买试剂盒,如需要公司帮助筛选,需要客户提供详细的蛋白信息;
  4. 4. 蛋白及小分子干粉样品带普通冰袋运输,溶液样品需要干冰运输。
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X-Aptamer试剂盒实验流程图

服务价格与周期

服务内容 单价(元) 周期
X-Aptamer kit I(需要自备蛋白标记试剂等) 询价 3天
X-Aptamer kit II(无需自备试剂) 询价 优化中
X-Aptamer 筛选服务 询价 2~4周
二代测序 询价 5~8天
数据分析及适配体合成(50nmol/个) 询价 4~6周
EMSA特异性分析 询价 1~2周
QPCR亲和力分析 询价 2~3周

客户提供

提供样品

靶蛋白或小分子靶(应使用适当的生物素、组氨酸或其他合适的物质示踪或标记。在很多情况下,重组的靶蛋白已经含有谷胱甘肽-S-转移酶(GST)或组氨酸等标记,这样靶蛋白就不需要标记。)

如客户自行筛选后续还需要提供PCR产物。

提供信息

X-Aptamer高亲和力修饰适配体服务订单下载

最终交付

交付报告

特异性及亲和力分析报告

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